中西医结合学系成立于2008年4月12日，学系分为中西医结合基础与中西医结合临床两个学科，由附属北京友谊医院、宣武医院、附属北京朝阳医院、附属北京天坛医院、附属复兴医院、附属北京佑安医院、附属北京地坛医院、附属北京儿童医院、附属北京口腔医院、附属北京安定医院、附属北京妇产医院、附属北京世纪坛医院、电力教学医院、北京大学人民医院、基础医学院、中医药学院等16家单位组成。目前，附属北京友谊医院李丽教授担任学系主任。

学系有重点实验室4个，分别是中西医结合国家中医药管理局重点实验室，附属北京友谊医院中西医结合病原生物学实验室，附属北京友谊医院中西医结合细胞生物学实验室，附属北京地坛医院传染病研究所感染免疫实验室。

学系现有教师70人，其中正高职17人，副高职20人；40岁以下高职6人，41-50岁高职6人；教师队伍中具有博士学位20人，硕士学位38人，列入北京市卫生局“十百千人才工程”1人。

近五年培养硕士研究生36人，培养博士研究生21人，硕士生发表论文40篇，博士生发表论文18篇。承担科研课题34项（其中国家级6项），科研总经费达1150万元；近5年发表论文362篇，其中SCI收录15篇；获国家级奖励4项，省部级奖励7项；获得专利2项；主编教材11部；出版科技著作7部；每年举办社会健康讲座及义诊；每两月举办一次学术讲座，每两年举办一届北京中西医结合国际研讨会。

中西医结合基础学科长期开展针对临床多种常见病、疑难病中西医结合治疗的基础研究，并逐渐形成三个重点研究方向: 1）抗肝纤维化有效中药的作用靶位及优化处方研究；2）重症感染、耐药菌、深部真菌感染和器官移植术后感染的中西医结合治疗基础研究；3）肝癌前病变发生机理及中药干预基础研究。

学系将以学科队伍建设为核心，以平台、基础设施建设为载体，以机制创新为保障，重点突破、系统推进，构建中西医结合学科特色的科技创新体系。发挥优势、凝练特色、打造品牌。充分体现自身的特色，实现学科整体水平的提高和优势研究方向高水平的学术发展。培养高水平的学科带头人和研究团队，形成方向稳定、结构合理、整体实力雄厚、能支撑学科和学科点长远发展的人才队伍。立足前沿、全面创新，努力创建国内一流的高水平学科，实验室能够支撑国家重大课题的研究，基础研究能代表国家中西医结合防治领域的水平,达到博士学位授权学科和重点学科要求。