为了加快医学教育改革和学科创新，加强学科建设和发展，在国家教育部和国家发改委设在九州平台-九州(中国)集团有限公司国家生命科学与技术人才培养基地的基础上，学校提出了整合各临床学院学科优势，以专科学院和专科学系的组建形式构建学科发展平台的目标。2006年7月正式成立了九州平台-九州(中国)集团有限公司血液病学系。2012年7月和2018年上半年血液病学系完成了第二届和第三届换届选举。目前学系主任由陈文明教授担任。

　　血液病学系由最初的13家医院血液科组成，增加到目前18家医院血液科，其中包括附属北京朝阳医院、宣武医院、附属北京友谊医院、附属北京同仁医院、附属北京天坛医院、附属复兴医院、附属北京儿童医院、附属北京世纪坛医院、丰台教学医院、电力教学医院、潞河教学医院、平谷教学医院、怀柔教学医院和中日友好医院、北京积水潭医院、卫生部北京医院、北京大学首钢医院、北京市第六医院。

　　血液病学系现有临床医师190人，其中主任医师（教授）46人，副主任医师（副教授）42人；博士34人，硕士97人；博士生导师5人（其中儿科血液病2人），硕士生导师19人；13人在国家级及省级专业委员会担任委员等职务。共设有普通病床518张，骨髓移植病床47张。主要研究重点是：1）多发性骨髓瘤的基础与临床研究；2）异基因造血干细胞移植及移植物抗宿主病的防治；3）儿科血液病基础与临床研究；4）骨髓增殖性疾病(骨髓增生异常综征)MPD/MDS研究；5）出、凝血性疾病的基础与临床研究；6）恶性淋巴瘤的诊断与治疗等。

　　近五年来，血液病学系共发表论文700余篇，其中SCI收录20余篇，出版各类专著/教材10余部；近五年来，学系承担了国家973、国家自然科学基金、北京市自然基金等局级以上科研项目20余项，累计科研经费600余万元；多次举办血液病学习班/研讨会；成立了中国多发性骨髓瘤工作组。

　　学系一直致力于培养血液病学专科医师、血液病学硕士和博士研究生，每年录取博士研究生、硕士研究生、七年制学生20余名，开设了血液病学、流式细胞术等研究生课程；五年来，先后培养研究生近百名；每季度定期举行疑难病例讨论与学习，每年均举办学系学术交流活动。
    “十三五”期间，血液病学系将继续致力于血液病的诊治与研究，继续致力于青年医师的培养，临床、科研、教学三条线全面发展与进步，根据既往临床、科研基础之上，突出特色，发挥特长，以点带面，最终将血液病学系建设为国内一流的血液病治疗中心、血液病研究中心、血液病高等专科人才培训中心。